У слов много смыслов -
в переводе с латыни от лат. manus «рука» и pleo «наполняю»
словарь Даля определяет манипуляцию как приемы ручные, ухватка, сручье; обиход.
Негативного оттенка я не вкладывала в словов манипулировать
а словарь русских синонимов на слово "манипуляция" предлагает "действие , способ"
так что манипулирование = это иногда всего лишь ручное управление, простым нажатием кнопок

:)